Instalar Flatpak es muy sencillo en las principales distribuciones GNULinux mas conocidas , pero en este caso lo haremos con Ubuntu 18.04 LTS y sus derivados ya que es lo mas que se usa , últimamente mas cruzaron a manjaro pero de igual modo sigue siendo la mas usada y con soporte.
Si aun no sabes que es Flatpak podes leer la Wikipedia desde Aquí
Instalación de Flatpak PPA
sudo add-apt-repository ppa:alexlarsson/flatpak
sudo apt update
sudo apt install flatpak
Instalar el plugin para el Gnome Software Center
sudo apt install gnome-software-plugin-flatpak
Por ultimo agregar el repositorio de Flatpak
$ flatpak remote-add --if-not-exists flathub https://flathub.org/repo/flathub.flatpakrepo
Ahora veremos como instalar las aplicaciones por medio de Flatpak , no necesariamente necesitas hacer uso de la terminal si no también puedes hacerlo abriendo desde la tienda de Ubuntu , (Gnome Software center) ya que la integración sirve para eso.
Pero veamos como se hace por medio de la terminal una vez que hayas reiniciado el sistema para que se apliquen ciertas cosas que puede que no aparezcan sin reiniciar.
Desde el sitio oficial te da una pagina la cual contiene una lista bastante larga de software la cual usaremos para instalar por medio de las indicaciones que nos de allí.
Yo utilizare la de spotify :)
https://flathub.org/apps/details/com.spotify.Client
Instalar la aplicación es asi
flatpak install flathub com.spotify.Client