Hola muchas veces me ha pasado que me quedan algunos archivos que he movido a la papelera y se han quedado bloqueados y no se dejan borrar ya que los he movido en modo root. Por ejemplo me paso que borre unos iconos desde la carpeta /usr/share/icons y como allí es ubicación protegida de sistema para hacer cambios de añadir nuevas cosas deber entrar en modo super usuario.
Para eliminar los archivos bloqueados abre una terminal y escribe lo siguiente :
$ sudo rm -rf ~/.local/share/Trash/files/*
siempre presionas aceptar o enter te pide la contraseña y otra vez enter. Con esto basta. Hasta la próxima.